פרופסור לארכיאולוגיה, מופקד על הקתדרה לארכאולוגיה של ישראל בתקופת הברונזה והברזל ע"ש יעקב אלקוב. עוסק בארכיאולוגיה של ארץ-ישראל וסביבתה בתקופת הברונזה והברזל, בשילוב שיטות מתחום המדעים המדוייקים בארכיאולוגיה ובהיסטוריה מקראית.
פרופסור פינקלשטיין כיהן כראש מכון נדלר לארכאולוגיה וכראש החוג לארכאולוגיה, היה מרצה אורח באוניברסיטת שיקגו בארה"ב ובסורבון בפריז.
חתן פרס דן דוד (2005), כאשר ועדת הפרס מציינת את השפעתו על חשיבה רדיקלית של ההיסטוריה של ישראל במאות העשירית והתשיעית לפני הספירה.
בשנת 2010 הוענק לו תואר דוקטור כבוד באוניברסיטת לוזן.
חבר מערכת בהוצאות לאור רבות, פרסם ספרים ומאמרים רבים. ביחד עם יובל גורן ונדב נאמן, ניהל וערך את הניתוח הפטרוגרפי של תעודות אל עמארנה. ביחד עם פרופסור דוד אוסישקין, הוא מנהל את החפירות המחודשות באתר מגידו בצפון הארץ.
