לימודי תואר שני בהנדסת מערכות מכשירים לניהול טכנולוגי של פיתוח רב תחומי של מערכות מורכבות. התואר מבוקש בתעשיות גבוהות ומתקדמות ושכרו בצדו. הלימודים מקנים ידע נרחב וכישורים מקצועיים לתכנון, ליווי וניהול של פרויקטים הנדסיים מורכבים מהשלב הרעיוני ועד השלמתם והפעלתם, מתוך ראייה מקצועית כוללת. בתכנית מגוון קורסי ליבה מקצועיים בתוספת קורסים תאורטיים מחוגים שונים בפקולטה להנדסה ובפקולטות אחרות. החומר הנלמד מיושם בתזה מחקרית או בפרויקט אישי. התכנית באוניברסיטת תל אביב היא היחידה בארץ המאפשרת לכתוב תזה, לעסוק במחקר ולהמשיך למסלול ישיר לדוקטורט. ככזאת, היא מציעה רמת לימודים עיונית, מחקרית ויישומית גבוהה.