הלימודים בחוג לפילוסופיה יהודית עוסקים במחשבה היהודית מימי בית שני (אפוקליפסה, הלניזם, כיתות, יהדות-נוצרית) ובהגות חז"ל על ענפיה. כמו כן, עוסקים הלימודים במיסטיקה ומאגיה לגווניהם, בהוגים היהודיים הגדולים בימי הביניים (כגון שלמה אבן גבירול, יהודה הלוי, הרמב"ם, חסדאי קרשקש ויצחק אברבנאל) ובעת החדשה (כגון שפינוזה, משה מנדלסון, רנ"ק, הס, הרמן כהן, פרנץ רוזנצוויג, מרטין בובר, א"ד גורדון והרב קוק) עד ימינו אלה.