אין ספק שהקמת התנועה הקראית בגולת בבל ופרס היא אחת התוצאות של המפגש התרבותי שבין אסלאם ליהודות. באמצעות עיון בקראות בראשיתה נפתח אף צוהר להבנת הכיתות באסלאם, כגון השיעה והחארג'יה. אבלי ציון הקראים שעלו לארץ ישראל נפגשו עם מקצת המגילות של כת קומראן, והושפעו מהן. עיון במקורות קראיים אלו פותח פתח להבנת מספר מחלוקות בתקופת בית שני.